近来发生了一连串音乐家被杀事件，死者都是著名钢琴家堂本一辉的学生。堂本一辉新近投资建造了一座设施一流的音乐厅，柯南等人应邀参加音乐厅的落成演出。在这里，世界级艺术家聚集一堂，演出的主角是天才女歌手秋庭怜子。
不料，怜子也遭到了狙击。千钧一发之际，柯南当机立断的行动救她一命。由此，柯南等人也成了凶手的眼中钉。这次犯人针对柯南等人。
开演当天，柯南在进入音乐厅之前被人砸昏。小兰她们却没有注意到，兀自入场落座。音乐会开始了。突然，音乐厅发生爆炸，整个建筑物被火海包围。而内部的演出大厅却安然无恙，由于出色的隔音设备，观众们根本没有察觉到外部的爆炸，音乐会继续着。爆炸不断继续，包括小兰、灰原、少年侦探团在内的一千多名观众成了人质。
柯南恢复意识后，立刻展开救援行动。他究竟能否救出小兰她们？而隐藏在旋律之中的真相又是什么？